En sus inicios este Colegio se conoció como Colegio Nacional de Xalapa y se ubicó en un ala del edificio del Convento de San Francisco. El 6 de abril de 1843 el presidente Antonio López de Santa Anna, por petición directa del Lic. Antonio María de Rivera, dictó un decreto por el cual brindaba su apoyo a la fundación del Colegio Nacional de Xalapa.
La junta Directiva del Colegio fue integrada en mayo de 1843 por el coronel José Julián Gutiérrez, jefe político de Xalapa, como presidente; el Lic. Ramón Terán, secretario; Bernardo Sayago, tesorero; el cura José Francisco Campomanes, Vicente Camacho y Antonio Martínez, vocales. Al Lic. Antonio María de Rivera se le designó Rector del Colegio.
La Junta elaboró un plan de estudios que comprendía las siguientes materias: Castellano, Latín, Francés e Inglés (idiomas), Teología Moral, Jurisprudencia, Medicina, Cirugía y Farmacia, Economía política y elementos de comercio, Historia sagrada e historia profana, Retórica y amena literatura, Elementos de matemáticas, Elementos de geografía, Música, Dibujo y pintura.
El colegio se inauguró el 16 de septiembre de 1843, constituyéndose en el segundo colegio de segunda enseñanza en el Estado (el primero fue el Colegio Preparatorio de Orizaba). Al comienzo de sus actividades contaba con cuarenta alumnos externos.
La escuela no recibió ayuda económica del gobierno de la República, ni del gobierno Departamental -sólo brindaban su apoyo moral-, aun cuando sus patrocinadores habían sido el presidente Santa Anna y el gobernador Quijano. En esta situación, el rector Antonio María de Rivera no solamente no cobraba sueldo, sino que muchas veces disponía de su dinero para cubrir gastos de la escuela.
Durante la invasión norteamericana, Juan Soto, gobernador de Veracruz, solicitó el edificio del convento franciscano para instalar un hospital militar. Posteriormente, los invasores, al llegar a Xalapa, se posesionaron del convento y lo destinaron para cuartel. Entonces Antonio María de Rivera trasladó el Colegio a una casa rentada y después al número 64 de la calle Belén (hoy Lucio).
Hacia 1850 por gestiones del mismo Antonio María de Rivera el gobierno cedió al Colegio una vieja casa ubicada en la calle de la Amargura número 82, esquina con Nacional (actualmente Revolución esquina con Juárez). Ahí funcionó durante algunos años hasta que en 1861 el gobernador Ignacio de la Llave, durante la invasión francesa, ordenó el desalojo del local que ocupaba el Colegio para establecer un hospital militar. Después del conflicto bélico, el Colegio retornó al mismo edificio.
Antonio María de Rivera continuó como rector hasta 1868 cuando, por orden del gobernador Francisco Hernández y Hernández, fue relevado por Joaquín G. Aguilar, catedrático del mismo Colegio Preparatorio.
Fuente: Tomado del libro «Huellas de Xalapa», de Martín Cerón